La riqueza natural de la Jacetania se ve reflejada en la diversidad de hábitats, fauna y flora que hacen de la comarca un territorio singular, rico y variado en cuanto a naturaleza se refiere. Valles de climas húmedos, altas montañas con espectaculares formas, grandes llanuras agrícolas en la Canal de Berdún, con soleadas laderas donde crecen quejigos y carrascas, sin olvidar sierras agrestes cubiertas por boj y pinos en cuyas laderas más umbrías crecen milenarios robles y hayedos. Destacar algunas maravillas naturales como la Selva de Oza, Zuriza, Canal Roya, Izas, Circo de Rioseta y las gargantas de Fago, Biniés y Salvatierra. También los bosques de San Juan de la Peña, antiguos valles glaciares como el valle de Aguas Tuertas o ibones como el de Acherito y Estanés.
La gran diversidad de paisajes es una característica que también afecta a la fauna de la región. De esta manera, encontramos un conjunto de animales propios, debido a los dos climas predominantes: el mediterráneo y el atlántico.
En aquellas zonas más bajas donde domina el clima mediterráneo, podemos encontrar especies como el sapillo pintojo ibérico. En cuanto a los reptiles abundan la culebra bastarda y el lagarto ocelado. Sobrevuelan estos parajes especies como el azor común, la collalba gris y rubia etc. Algunos de los animales más destacados son los ciervos, corzos y jabalíes y pequeños depredadores como garduñas, ginetas y zorros. Mientras que entre los insectos destaca el ciervo volante.
En cuanto al territorio con influencia atlántica destacan ejemplares del tritón jaspeado, la salamandra o la rana pirenaica. Entre los reptiles abundan el lagarto verde y la culebra verdeamarilla. Entre las aves el halcón abejero la perdiz chocha el pito real, el pico picapinos y el pito negro. Por encima de los 1.800 metros, es exclusivo el verderón serrano junto con carboneros y herrerillos. Entre los mamíferos abundan el jabalí, el zorro y la liebre. Sin embargo, si hay un mamífero característico de esta zona es el sarrio. El oso, animal en peligro de extinción también sobrevive en los altos valles.
Por encima de 2.200 metros, se encuentran especies que pueden soportar la climatología de este lugar como la lagartija turbera, la perdiz pardilla, la perdiz nival o el gorrión alpino. Mientras que los mamíferos están representados por el armiño.
También cabe citar aquellas especies que viven en los cursos fluviales, tan abundantes en el territorio, como la trucha común. Esta zona la sobrevuelan aves como el martín pescador y el mirlo acuático cuya presencia nos garantiza la pureza del agua. Además, se pueden encontrar, de forma escasa, algún ejemplar de nutria.
Además, este territorio es un enclave privilegiado para la observación de grandes rapaces. Por este motivo, esta comarca cuenta con siete Zonas de Especial Protección para las Aves como son: Collarada - Ibón Ip; los Valles; Salvatierra - Foces de Fago y Biniés - Barranco del Infierno; San Juan de la Peña y Monte Oroel. En estos lugares sobrevuelan aves como el azor, el gavilán, el milano negro, el milano real, el halcón común, el águila real, el águila culebrera, el alimoche, el buitre común o el quebrantahuesos.